佛罗里达大西洋大学的生物工程是一个影响药物输送、手术、诊断、预防和治疗的新兴领域。成功完成生物工程理学硕士(MSBioE)学位课程的学生将为从事与医疗诊断、假肢设备以及神经和其他植入物相关的业务的职业生涯做好准备。

佛罗里达大西洋大学的生物工程专业的学生也将准备好继续他们在各种科学和工程学科的博士学位水平的正规教育，在某些情况下还可以在医学博士水平上继续他们的正规教育。