1595 年由耶稣会教父创立，当时是教区学校。 1768 年至 1783 年耶稣会士被驱逐出菲律宾后关闭。 1783 年重新开放并更名为圣卡洛斯学院。直到 1862 年由多米尼加教父管理，1867 年由圣文森特教父管理，随后由圣言会 (SVD) 管理。 1924 年成为普通人的高等教育机构。1941 年停办，1945 年重新开放。1948 年获得大学地位。在神圣话语协会的权威下，得到高等教育委员会的认可。