1551 年由伊格内修斯·洛约拉 (Ignatius of Loyola) 和弗朗西斯·博吉亚 (Francis Borgia) 创立，当时名为“Collegium Romanum”。 1553 年由教皇朱利叶斯三世创建为大学。该机构在教皇格雷戈里十三世的领导下得到了长足的发展，他被认为是现在以他的名字命名的大学的“创始人和父亲”。直接依赖罗马教廷，行政权委托给耶稣会。大校长是研究会的红衣主教长官，副大校长是耶稣会的高级将军。意大利政府授予大学法律认可。