成功完成弗莱堡大学提供的药学学位后，即可获得制药研究职位以及制药行业专业化的资格。

弗莱堡大学提供的跨学科药学硕士课程建立在学士课程教授的自然科学基本技能的基础上，为高水平的药剂学提供了广泛的基础，并扎实地介绍了药学的不同领域：药物化学、药物生物学、制药技术、生物信息学、生物化学和药理学。药学硕士课程鼓励学生建立个人科学概况。一些学分可以在大学的其他院系、外部研究机构或国外获得。药学硕士课程的一个中心目标是教会学生进行独立的实验科学研究。