克里特科技大学的生物医学工程项目非常灵活，因为它提供两条毕业路线，一条是90学分，另一条是120学分。
第一个轨道旨在教育愿意开发载体的研究生作为工业/医院雇用的生物医学工程师。第二条轨道旨在通过在附属研究实验室之一进行的研究级论文，为愿意继续攻读博士学位的研究生做好准备。在这两条轨道上，所提供的科学教育辅以选定的（热门）讲座和项目与生物医学技术管理相关的主题，例如：
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